Meses atrás, comecei a utilizar uma alternativa ao terminal padrão do osx, o iTerm2. De vários recursos que o terminal não fornecia por padrão, um muito interessante, era o Fullscreen(além de split/etc). Como eu utilizava o Snow Leopard, não possuia o recurso de aplicativos Fullscreen que chegou na versão Lion.
O tempo passou, e acabei fazendo a troca do SL para o Mountain Lion. Com isso, o recurso de Fullscreen que já existia no Snow Leopard, foi adaptado ao recurso geral do OS novo, algo ao qual não me adaptei bem.
Seguindo a dica do colega @enzoz, na tela de preferências, na aba “General” existe a opção “Use Lion-style Fullscreen windows”. Após desmarcá-la, seu iTerm2 em Fullscreen não ocupará novamente um space.